Cuando compilamos un archivo java tenemos que usar la herramienta "javac"
javac Archivo.java
El problema lo tenemos cuando tenemos los archivos en paquetes y tenemos que compilar estos paquetes. Podriamos compiilar archivo por archivo pero tendriamos problema si estos archivos tienen referencias entre ellos por lo que habría compilar en un orden especifico los archivos. Para solucionar esto nos tenemos que poner en el directorio "root" del proyecto y aplicar la herramienta javac:
javac paquete/subpaquete/*.java
Esto nos compilará todo los archivos en ese paquete sin problemas, sin tener que estar compilando uno por uno.
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